Bei der Kreuzungszüchtung werden Pflanzen verschiedener Linien miteinander gepaart. Das Ziel: die unterschiedlichen Eigenschaften der Elternlinien zu einem neuen Genotyp mit Vorteilhaften Eigenschaften zu kombinieren. Durch die anschliessende Auslese und weitere Kreuzungen entstehen erblich konstante Populationen, die sich für die Weitervermehrung eignen.
Die gentechnische Veränderung von Nutzpflanzen wird von ihren Befürwortern häufig als Fortsetzung des uralten Prozesses der Domestikation und der klassischen Kreuzungszüchtung angepriesen und als „neue Züchtungstechniken“ bezeichnet, um die Öffentlichkeit für ihre Produkte zu gewinnen. Doch zwischen Gentechnik und klassischer Züchtung bestehen bedeutende Unterschiede. Nicht nur in den biologischen und soziopolitischen Prozessen, durch welche die Veränderung erfolgt, sondern auch in der Eingriffstiefe sowie in den Auswirkungen auf die Agrobiodiversität und die Saatgutsouveränität.